La domesticazione è un vero e proprio processo attraverso il quale gli animali in cattività si adattano all'uomo e all'ambiente umano. L'adattamento allo stato di cattività avviene tramite la stimolazione ambientale, esperienze che si verificano nella vita dell'animale e mutamenti genetici, che si manifestano nelle generazioni successive. Darwin ha sostenuto che la domesticazione, sebbene sia un processo che abbia origine dall'addomesticamento, diventi via via un fenomeno profondamente diverso, in quanto essa presuppone una condizione nella quale gli animali vengono incrociati, allevati e nutriti in un modo più o meno regolato dall'uomo.
I mutamenti che si possono osservare negli animali domestici, rendendoli diversi dalla forma selvatica, mostrano due fenomeni ricorrenti:
(a) gli animali domestici differiscono dalla rispettiva forma selvatica per una variabilità notevolmente più marcata, nell'ambito della specie, delle caratteristiche strutturali, fisiologiche ed etologiche;
(b) molte delle caratteristiche modificazioni morfologiche, come avere peli sottilissimi o molto arricciati o la presenza di pezzature dorsali o ventrali, possono essere di frequente osservate anche in specie non prossime.
Anche il comportamento degli animali domestici può differire in modo caratteristico da quello delle corrispettive forme selvatiche, per quanto questo si verifichi talvolta solo in minima parte; è comunque possibile riscontrare interessanti parallelismi. Lorenz stesso ha sottolineato l'esistenza di modificazioni tipiche indotte dal fenomeno della domesticazione. Le più importanti sono senza dubbio l'aumento e la diminuzione della disposizione all'azione, ovvero una variazione del “livello dell'impulso” e una modificazione dei meccanismi scatenanti innati. Variazioni della disposizione all'azione. Alcuni moduli comportamentali compaiono nelle forme domestiche molto più raramente o viceversa molto più frequentemente di quanto si riscontri nelle forme selvatiche corrispondenti. In particolare se un comportamento compare più raramente si parla di ipotrofia. Questo fenomeno interessa soprattutto quei moduli comportamentali riguardanti l'aggressività, l'avvertimento, la fuga, la difesa, le cure parentali. Il fenomeno opposto, ovvero la maggiore frequenza di un determinato modulo, viene detto ipertrofia ed è riscontrabile soprattutto nell'attività sessuale. L'ipertrofia è visibile chiaramente nelle reazioni sessuali, che risultano non dipendenti dai cicli stagionali, in cui si assiste a una riduzione considerevole del comportamento di corteggiamento che si riduce notevolmente, configurandosi talvolta con il semplice accoppiamento.
Variazione dei meccanismi scatenanti innati.
Nell'ambito del comportamento sociale gli animali selvatici reagiscono con estrema precisione a determinati stimoli e, in particolare nel caso di sequenze motorie piuttosto lunghe, ogni singola azione si svolge solo in presenza del relativo stimolo scatenante. Negli animali domestici questa selettività è spesso notevolmente ridotta. Anche in questo caso le prime a subire una modificazione sono ancora le reazioni della sfera sessuale; seguono le attività di cura della prole e altre sfere del comportamento sociale. Per questo motivo è generalmente molto più facile incrociare animali domestici e fare allevare i loro piccoli da madri sostitutive rispetto alle specie selvatiche.
Per Hemmer (1990) una delle principali conseguenze della domesticazione è la riduzione della sfera percettiva. Gli animali selvatici per poter sopravvivere, infatti, devono essere necessariamente “neofobici”, cioè devono essere in grado di reagire velocemente agli stimoli nuovi e sconosciuti, per poter garantire la sopravvivenza della specie.
Di contro le rispettive forme domestiche sono caratterizzate da docilità, assenza di paura e maggiore tolleranza a stati di stress.